王船自焚記

清領時期，南鯤鯓代天府南北巡狩，為求水路之便，建有一艘王船，然而在西元1863 (清同治2年)，五府千歲由陸路出發，王船便停在王爺港口。沒想到王船就這樣被人偷開走到澎湖去，並假藉五府千歲的名義詐騙募款。然因事蹟敗露，澎湖縣憲便將之扣留。爾後查辦完成，偷船者訓誡後便釋放，王船回到南鯤鯓廟後，因被惡人所用，怕再重蹈覆徹，某夜王船便自焚，今後也未再有王船。

王爺澎湖救安產

在王船被澎湖縣憲扣留之時，適逢縣憲夫人生子難產，醫生束手無策，縣憲便抱著最後希望登上王船祈求庇佑安產，回府後果然母子均安。也因為如此，澎湖縣憲隆重的祭祀王船並將之恭送回南鯤鯓廟，對偷船者也才僅訓誡完便釋放。

澎湖通航頻繁的證明

王船的故事除了澎湖縣憲夫人難產外，另有一故事是澎湖代理海防通判至馬公的南甲海靈殿，祈求主神蘇王爺救其病重夫人。由於王船有被人惡意使用，從此不再造王船，南鯤鯓代天府的王船故事就終結於此。但王船曾經存在，與澎湖的一來一往，證明了清領末期，南鯤鯓與澎湖之間通航的順暢與頻繁。