大廟大多會祭祀中壇元帥 – 三太子，三太子負責調動五方兵馬，統領宮廟堂寺之五營神將的中央，是廟中主祀神的好幫手，維持地方功不可沒。但在南鯤鯓代天府中卻沒有三太子的身影，這背後也有著一則膾炙人口的傳奇故事。
不少人知道「五王大戰囝仔公」的故事，當時四方天神大多來幫助五府千歲，像是嘉義福海宮的主神李府千歲和三奶夫人，帶領千萬兵馬南下助陣攻打。而三太子與萬善爺的爭執就事發生在這場戰役當中。
傳說當時三太子出兵協助五府千歲，不過因為三太子與萬善爺都是「囝仔神」，因此打起來格外激烈，不過在一場偷襲戰中，三太子不小心兵敗，而頭顱就被囝仔公一刀砍下，從此勢同水火。傳說被砍下的三太子頭就這樣往南飛到七股區西寮西興宮的中壇元帥身上。
由於三太子的頭顱被萬善爺砍下，因此南鯤鯓代天府也就衍生出了兩個奇特的現象：
。南鯤鯓代天府不祭祀三太子 - 中壇元帥
。三太子前來南鯤鯓進香或會香時，神轎只到山門不入廟埕。
最主要就是怕歷史重演，三太子與萬善爺再起紛爭。不過後來由五府千歲與萬善爺協調，兩尊「囝仔神」才平息了紛爭，爾後中壇元帥得以光榮進廟進香。
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