傳說明朝末年的一個晚上,數十名漁民在南鯤鯓沙汕上捕魚發現一艘三檣的大帆船,隔天去看船內裡面載著五府千歲與中軍府的神像。原先漁是將這些神像供奉在草寮內,後來在1662年正式建成「南鯤鯓廟」,供奉五府千歲。
相傳明朝末年時,數十名漁民正在南鯤鯓沙汕上捕魚,發現從海上飄來了一艘三檣的大帆船,而且還傳來一陣鐘鼓管弦的樂聲。隔天漁民去看就發現內有五府千歲的神尊,所以漁民便將其供奉起來。
漁民後來出海前都會拜五府千歲,回來都會漁獲滿滿,如果生病向五府千歲祈求,也定必好轉,所以參拜的信眾愈來愈多。但因為財力不足,所以一直未能為五府千歲建廟,原本漁民打算恭迎王船出港,送五府千歲離開。結果不到一個時辰,王船卻逆風返航,漁民驚呼神跡降臨。
後來聽聞五府千歲王船逆風返航的事跡的人愈來愈多,而漁獲也愈來愈多,有更多信眾前來參拜。有見於此,所以信眾決議正式為五府千歲建廟,並在康熙年間1662年落成「南鯤鯓廟」。