建築師陳碧潭因安全及追求完美變更設計十次

鯤鯓代天府凌霄寶殿融合宗思想哲學及創新構思，用於每一階段工程的設計、施工與規範，去實現完美的設計理念。總共繪製二套正草圖及十套完整施工圖說，曾經因覺得昨天的圖說不完美而進行變更，也曾經因民國八十八年九二一集集大地震而重新設計整體結構，凌霄寶殿的設計工程浩大且歲月漫長，建築設計師陳碧潭先生夙夜匪懈的致力於凌霄寶殿的建造。

臺灣宗教文化的藝術展現

反映民國七十六年至民國一ＯＯ年的時代性，表現臺灣本土性、臺灣歷史文化藝術性及臺灣特有宗教文化特性而設計創作，形成凌霄寶殿既傳承又創新的新風貌。
延續五府千歲殿同一中軸線，位居中軸線左右為左青龍位及右白虎位，一進中門前拜亭之左右為左文昌殿右太歲殿，二進裡拜亭之左右為左鐘樓右鼓樓，三進正殿之左右為左右配殿，左配殿供奉：「大明之神、北斗七星之神、木土火金水之神、二十八宿之神、周天星辰之神」，右配殿供奉：「夜明之神、雲師之神、雨伯之神、風伯之神、雷伯之神」。
前拜亭為凌霄寶殿供信眾祭拜亭，經聖典祭拜亭後進入正殿，正殿供奉「昊天金闕無上至尊自然妙有彌羅至真玉皇上帝」，最終止於後壁為玄武位。

歷經九二一大地震進而更加堅實的凌霄寶殿

因處臺南北門海邊下沉地帶故設計首重結構安全，正殿、裡拜亭及左右配殿之主要高層建物採反循環基樁基礎，中門、前拜亭、左右廂房及鐘鼓樓之低層建物採筏式基礎，左右迴廊採連續基腳基礎。
基樁工程於民國八十二年四月開工，第二期施作結構基礎工程於民國七十三年六月開工，第三期地上主體結構工程於民國八十八年九月開工，工程於民國八十八年因九二一集集大地震被迫停工，檢討加強抗震強度並變更設計，於民國八十九年四月復工，第三期地上主體結構工程於民國九十一年二月完工。