建廟源自台南北門村民移居高雄鼓山

本宮肇建於民國四十年間，其建廟緣由，當溯自民國十九年台南北門蚵寮村民移居哈瑪星（今高雄南鼓山一帶）謀生之際，秉奉一貫的虔誠信仰，自故鄉台南北門保安宮迎請清水祖師金身蒞境護佑，由旅高鄉親輪流奉祀，以為精神寄託。此外，當時哈瑪星一帶居民並以台南南鯤鯓代天府之五府千歲、青山寺之觀音菩薩、台南北門蚵寮保安宮之池府千歲及南山紫竹林觀音菩薩等神佛為信仰依歸，每逢清水祖師佛辰（農曆正月廿二日）必返鄉迎請眾神駕臨今鼓山魚市場內，設立臨時神壇安座，以供境內有緣善信膜拜祈安，並演戲酬神滿俾求合境平安、四時綏靖。

由吳府千歲起駕指示建廟廟地

台灣光復後，工、商、漁業漸次發展，經濟欣欣向榮，本區信眾安居樂業之餘，感念神佛庇佑恩澤，於民國三十八年農曆四月集會商議建造公厝以安奉諸洞天神佛，隨即恭請台南南鯤鯓代天府之吳府千歲暨台南北門蚵寮保安宮之池府千歲前來主持建廟事宜。嗣後，經吳府千歲起駕指示，擇點廟地建廟，並命名為高雄哈瑪星代天宮，冀以奉祀台南南鯤鯓代天府之五府千歲、台南北門蚵寮保安宮之池府千歲及清水祖師等神尊，旋組織董事會負責籌建事宜，由主神吳府千歲指派周成日擔任董事長一職，另派任董事莊格發、鄭進步、王登山、王金鑑、蘇文章、王峯巒、王金局、郭鬢、王木林、羅善、陳生啟、以及代表洪老福、洪嚴、王定國、王朝回、蔡海清、凃大陣等人。肇建之初，信徒原意為建造公厝以便利膜拜，未料吳府千歲所擇點之廟地相當廣闊，信眾深恐以當時之人力物力無法負擔，幸經與會執事和衷共濟，積極擘劃，復蒙各界善信大德踴躍捐輸，在萬方響應下，於民國四十年歲次辛卯六月初二日辰時破土動工，擇吉於民國四十三年歲次甲午十月十五日卯時奉請神佛入龕安座，建廟工程前後歷時三年，克盡全功，實繫之於天佑人助也。

民國四十八年由池府千歲起駕指示於興建後殿

民國四十八年六月，奉本宮主神池府千歲指示興建後殿，增祀觀音菩薩，由第二任董事長莊格發統籌領導，於民國四十九年歲次庚子正月開工興建，全部工程均奉池府千歲指示進行，並定殿名為「青雲寺」。由於本宮肇建以還，神威顯赫，受恩信眾感戴於心，值此後殿興建之際，無不傾囊捐款，以為叩謝，因此施工期間經費充裕，工程進行順利，於民國五十一年底（壬寅歲）竣工。翌年癸卯二月十九日由池府千歲主持，舉行觀音菩薩等神佛之開光安座大典。民國六十六年興建宏偉牌樓，越三年。又於廟庭兩側建造典麗雅致之龍鳳雙樓，至此，本宮堂皇之規模始告完成，蔚為南鼓山首屈一指的宗教聖地。