蚵寮保安宮與南鯤鯓代天府因為同為台南北門區的蚵寮部落，先民就稱蚵寮保安宮為「頭前廟」，而南鯤鯓代天府為「後壁廟」。
說到兩廟的淵源，就要說到南鯤鯓代天府的興建史。在當初要建廟的時候是蚵寮庄中什姓協豐蔡放等人士共同籌建，現在廟址也是由蚵寮保安宮的朱府千歲擇地而建。
當年朱府千歲擇地建南鯤鯓代天府取其「旺財」之地，而且完工之後，蚵寮保安宮所奉祀的李府千歲指示要前往南鯤鯓代天府鎮殿，還迎請了南海觀音佛祖、註生娘娘安奉於南鯤鯓代天府。
在重大的日子跟祭典，尤其是三年一科的安營釘符時就回請開基李府千歲、觀音佛祖、娘媽回蚵寮保安宮，而開基吳府千歲則在安營時出現協助。而將迎一尺的南鯤鯓代天府帥印，平時都只會安奉在南鯤鯓代天府，只有蚵寮保安宮是三年一科的安營釘符可以請出帥印，可見其關係匪淺。
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