萬善爺的傳說是根據南鯤鯓萬善堂沿革記載，萬善堂主神萬善爺又稱囝仔公，是清康熙年間（十七世紀中期至十八世紀初期）人，原本為一介牧童，因得靈地而感悟升天。
南鯤鯓代天府主祀之五府千歲 (李府、池府、吳府、朱府、范府五位王爺)，萬善爺為此廟之「囝仔神」又稱「囝仔公」，亦為最主要配祀神祇之一。
萬善爺本是一位牧童，時常牧牛於榔山上，去世後，下葬於此山。
據傳：嘉慶年間，信眾決定奉祀五府千歲建廟宇於榔山時，就引發了萬善爺一場廟地之爭。五府千歳表示已用銅錢埋於此地為証，而萬善爺則稱早已插針於土中為憑，兩相爭執，孰先孰後，孰是孰非，難以定論。雙方竟展開大戰，激烈無比，引得日月無光，陰風淒慘，雞犬不寧。
附近居民在數月之後全部搬走，嗣經赤山巌觀音佛祖出面調解，雙方訂下「大廟來進香、小廟必有敬，有福應同享，神界莫相爭。」之盟，一場鬼哭神嚎戰爭就此平息，而囡仔公萬善爺亦列為代天府配祀之神。
現南鯤鯓代天府廟南萬善堂中有楹聯二對，讃日：
萬姓盡歸心 因與五王同時顯聖
善人終受命 未修諸佛早日稱公
萬欽好漢能驅草木成兵 靈光照虎嶺
善行昇仙放牧牛羊盡職 勝蹟記鯤崗
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